Unity 2017.1.2f1で確認。
UnityでLoadLevelを実行すると画面が暗くなる
http://funct.hatenablog.com/entry/20150926/1443279282
こちらのような問題。タイトルでライトを使用せず、次のシーンでライトを使おうとしたら暗くなってしまってちょい困ったので生存報告も兼ねてメモ。
ライトを使用したいシーンでタイトルメニューバーのWindow > Lighting > Settings > Object mapsのAuto Generateのチェックを外す
上の方法で解決できました。相変わらず表面上何もやっていませんが色々目論んでいます(仕事としてやることになると思うので公表はできないと思いますが…)。